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      5hmC或成(chéng)为2型糖尿病血管并发症临床监控的(de)重要标(biāo)志物

      source:TIME:2019-10-01 08:00:00分享到:

      2019年10月(yuè)1日,5-羟甲(jiǎ)基化胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)在(zài)糖尿病研究领域取(qǔ)得重要进(jìn)展。2型糖尿病(bìng)(T2D)的(de)血管并发症是(shì)导致(zhì)2型糖尿病致残致死的(de)重(chóng)要(yào)病(bìng)因,一直缺乏一种无创便捷的临(lín)床途径实现血管并(bìng)发症的(de)发(fā)生发展监测,达到早发现、早干预,以提高T2D病人(rén)的整体生活质(zhì)量,减少卫生经济(jì)负担。


      该研究入(rù)组了62例2型糖尿病病人,采(cǎi)用5hmC-Seal技术对血浆(jiāng)cfDNA中表观遗传标志物5hmC的分布情况进行检测,分(fèn)析5hmC标志物(wù)与2型糖尿(niào)病血管(guǎn)并发症(zhèng)发生发(fā)展(zhǎn)的相关性。结果(guǒ)表(biǎo)明5hmC标志物的(de)变化与T2D合并大(dà)血管/微血(xuè)管事件具有相关性,主要涉及一些与血管生物学和糖尿病(包括胰岛素耐受(shòu)和炎症反(fǎn)应)相关的基因和信号通路。该研究建(jiàn)立的16个(gè)基因-5hmC标志物(wù)组合检(jiǎn)测可以准确区分有并发症和无并发症的(de)2型糖尿病(bìng)病人[实验组(zǔ):AUC=0.85;95% CI,0.73-0.96],明显优于(yú)传统临床变量例如白蛋白(bái)尿。除此之(zhī)外,还建(jiàn)立(lì)了13个基因(yīn)-5hmC标志物组合检测,可以进一步区分T2D合并单一并(bìng)发症和多种并发症(zhèng)[实验组:AUC=0.84;95% CI,0.68-0.99],同样明显优于(yú)其(qí)他传(chuán)统临(lín)床变量。该研究(jiū)得(dé)出结(jié)论,5hmC标志物反(fǎn)映了T2D病人大血管/微血管(guǎn)并发症发(fā)生过程中的表观遗传变(biàn)化,因而5hmC-Seal检测技(jì)术在(zài)监测糖尿病(bìng)血管并发症发生(shēng)和进展方面具有良好的临床应(yīng)用前景。


      试(shì)验设计(jì)



      本研究共纳(nà)入62例2型糖尿病病人,包(bāo)括没有血管并(bìng)发(fā)症的病人12例,有单一血管并(bìng)发症的(de)病人34例(24例(lì)发(fā)生大(dà)血管事件,10例发生微(wēi)血管(guǎn)事件),以及有多种血管(guǎn)并发症的病人16例。试(shì)验收集(jí)62例病人血浆,提取cfDNA,利用5hmC-Seal技术捕获外周血cfDNA中的5hmC序列,进行(háng)二代测(cè)序,通过生物信息学分(fèn)析(xī)找出并发症组与无并发(fā)症组之间有显著5hmC修(xiū)饰差异的基因,单一(yī)并发症组和(hé)多种并发症组之间有显著(zhe)5hmC修(xiū)饰差异的(de)基因。随后利用(yòng)回归模型对差异基因进一步(bù)筛选、优化(huà),弹性(xìng)网络进(jìn)一(yī)步筛选,计算加(jiā)权平均分,最后得到(dào)一组具有高度(dù)灵(líng)敏度(dù)和特异性(xìng)的5hmC生物标(biāo)记(jì)物,并进一步在实验组中验(yàn)证(zhèng),分析(xī)其灵敏(mǐn)度和特(tè)异(yì)性。并将新建立的5hmC标志物基因组合的检测性能与传统临床变量(liàng)进行对比分(fèn)析。最(zuì)后对(duì)相关基因进(jìn)行了信(xìn)号通路分(fèn)析和功能(néng)探究。



      研究结果


      5hmC修饰水平与血管并发症具有相关性


      利用逻辑回归(guī)模型对62例有并发症和无并(bìng)发(fā)症(zhèng)2型糖尿病(bìng)病人的(de)5hmC差异水平进(jìn)行分析发(fā)现,有并发症(zhèng)2型糖尿病病人(rén)的622个差异修(xiū)饰(shì)候(hòu)选基因(包括上调和下(xià)调基因)的(de)归一化平均(jun1)数要明(míng)显高于无并发(fā)症的病人(P<0.001),但是单一并发症和(hé)多发并发(fā)症病人之间没有显著差异。

      之后将(jiāng)有单一(yī)并发(fā)症或多种并发症(zhèng)的(de)50例病人用(yòng)逻辑回归模型(xíng)进行了对比,发现多种(zhǒng)并发症的(de)病人的153个(gè)差(chà)异修饰候选基因(包括上调(diào)和下(xià)调基(jī)因)的(de)归一(yī)化平均数要低(dī)于无并发症病人(P<0.001)。


      5hmC标志物可区分有无(wú)并发症患者


      62例2型糖尿病病人被随机分成(chéng)训练组(n=31)和(hé)测试组(n=31)。利用(yòng)弹性网络筛选后发现,16基因-5hmC标志物组合检测(cè)可以用于区分有并发(fā)症和无并发症的2型糖尿病病人。


      基于16基因组合(hé)模型(xíng) (Detection Model 1) 的加权平均分分(fèn)析(xī),发现无并(bìng)发症病人的(de)分数(shù)在(zài)训练集和测试(shì)集中都明显低(dī)于有并(bìng)发症的(de)病人。只考虑加权平均分的话,受试(shì)者工作特(tè)征曲线(ROC)分(fèn)析表(biǎo)明将cutoff值(zhí)设置成(chéng)0.5时,在测试组中中的灵(líng)敏度为(wéi)60%,特异(yì)性为(wéi)100%。



      5hmC标(biāo)志物可区分病(bìng)人(rén)是单一并发症还是多种并发症


      50例有并发(fā)症的2型糖尿病病人被随机分成(chéng)训练组(n=25)和测试组(n=25)。利(lì)用弹性网络筛选后发现,13基因-5hmC标(biāo)志物组合可以区分2型糖尿病病(bìng)人是否发生单一(yī)并发(fā)症或多种并(bìng)发(fā)症。


      基于(yú)13基因组合模型 (Detection Model 2), 我们计算了单一并发症和多种并发症的加权平均分,发现在训练集和测试集(jí)中单(dān)一并发症和多种并(bìng)发(fā)症病(bìng)人的分数都有明显差异。值得一提(tí)的是,有(yǒu)肾病(bìng)并发(fā)症(zhèng)和无肾病并发症(zhèng)病人(rén)的分数也有明(míng)显差异。利用加权平均(jun1)分作为判(pàn)断标(biāo)准(zhǔn)的受试者工作特征曲线(ROC)表明,在测试组中当(dāng)将cutoff值设成0.69时,灵敏度为87.5%,特异(yì)性为(wéi)68.8%。



      5hmC标志物(wù)与传统临(lín)床变量/危险(xiǎn)因子的对(duì)比(bǐ)


      我们评估了不同临床(chuáng)变量(liàng)/危(wēi)险(xiǎn)因子用于监(jiān)测血管(guǎn)并发症的灵敏度和(hé)特异性(见表1)。

      总体(tǐ)来说,结果(guǒ)表明(míng)一些临床变量(如(rú)尿液白(bái)蛋(dàn)白、血(xuè)清ALT、AST、肌酐、GGT、脂蛋白a)虽然具(jù)有(yǒu)一定(dìng)的(de)灵(líng)敏度和特异性,但是(shì)整(zhěng)体准(zhǔn)确度(dù)仍然差强人(rén)意,因此临(lín)床需(xū)要更(gèng)加准(zhǔn)确的方法。另外,我们还在训练组中建立5hmC和不同临床变量的多变量组合模型进行(háng)评估,该模型加权平均分的AUC要明显大于(yú)传统(tǒng)临(lín)床变量的AUC。若将(jiāng)这些临(lín)床(chuáng)变量与加权平均分(fèn)进行结合,AUC也将进一步提高。因此,该多变(biàn)量(liàng)模(mó)型表(biǎo)明(míng)加权(quán)平均(jun1)分可作为一个独立的指标(biāo)用于(yú)监测2型(xíng)糖尿病(bìng)血管并发(fā)症。

      信号通路分析和功能探(tàn)究


      有并发(fā)症和无(wú)并发症(zhèng)病(bìng)人的135个差(chà)异(yì)候选基因的功能注释分析表(biǎo)明,这些基因主要富(fù)集在一些经典的信号通路(lù)。错误(wù)发现率相关(guān)P值位于前10%和基因数目≥3的信号通路包括(kuò)由IGF1R, IL-10和(hé)FGFR2所介导的信号通路(lù)。由IGF1R和(hé)IL-10介导的信号通路(lù)与胰岛素抵(dǐ)抗(kàng)及炎症(zhèng)反应相关,在血管生物学和糖(táng)尿(niào)病(bìng)发生发展(zhǎn)过程中(zhōng)发挥重要作用(yòng)。

      Reactome相互作用网络(luò)的中心(xīn)表明,泛素(sù)编码(mǎ)基因[泛(fàn)素B (UBB),泛素C (UBC),泛(fàn)素A-52亚基核糖体蛋白融合产物(wù)1(UBA52)]是候(hòu)选基因(如SMAD3FOXD2DRAP1MCIDASMLNPIANPTBCC)的重要(yào)连接者。在这135个差异候选基因中, 一些基因 (如TNFRSF25P=0.027, HR=6.25; MLNP=0.0021, HR=20.40; CCL3L1P=0.018, HR=0.44)表现出与糖尿病病程相关(guān)的(de)倾向,表明5hmC和糖(táng)尿病(bìng)血管并发症之间可能存在时间依赖性的相互作用。基于纵向(xiàng)时间队列的大样本研究,将可进一(yī)步明确5hmC变化(huà)和糖尿(niào)病持续时间之间的动态关联(lián)。关(guān)于单一并发症和多种(zhǒng)并发症(zhèng)病人的159个候选标志基因(yīn)的功能(néng)注(zhù)释研(yán)究发现,存在细胞-细胞连接、胶原蛋白形成(chéng)、新陈代谢(xiè)、细胞应激应答信号通路(lù)的富集,这(zhè)些信号(hào)通(tōng)路均与(yǔ)细(xì)胞基(jī)本功能(néng)密切相关。


      研究意义



      血管并发症是三(sān)分之二糖尿(niào)病病人的死(sǐ)亡(wáng)原因,若能及早有效(xiào)控制血管并发症的发(fā)生,将极大地改善糖(táng)尿(niào)病病人的生(shēng)存质量。该研究建立了一种(zhǒng)利用(yòng)cfDNA进行2型糖尿病血(xuè)管(guǎn)并发症(zhèng)监测的无创便捷方法,较目前临床标志物能(néng)更准确地监控血管并发症的发生,从(cóng)而提示临床及(jí)早采取应对措施,有效(xiào)控(kòng)制病情(qíng)进展。



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